洁净空调系统和一般空调系统比较，在冷、热加湿源的选择上是有区别的，因为洁净空调系统的温度、湿度、洁净度的参数是根据生产工艺的需要提出来的，因此在冷、热加湿源的选择时以满足生产工艺的需要为前提，再根据工程所在地的具体情况进行比较，选择比较经济、高效的制冷机、加热形式和加湿的形式。
在洁净空调系统中，热源的选择一般由热水、蒸汽和电加热。
1．热水：作为加热的热源，用热水是比较好的选择，不仅调节方便，管理也方便，而且空气的品质也好，让在洁净室内工作的人员感觉会比较舒适。用热水作为热源，对送风温度的控制也比较容易而且精度高很多。有蒸汽源的工程都将蒸汽通过板式换热器交换成热水作为加热源。以热水作为热源，水温可以从45℃到90℃，水温差一般取5℃到20℃。选择热水作为热源，其供水温度和温差要根据工程的实际情况来决定。如用热泵机组作为热源，它能提供的水温不会高于45℃，因此供回水的温差也就取5℃，这样就要求空调箱内加热器的加热面积要大，在空调箱这方面的初投资就增加了。如有热水锅炉或用蒸汽通过板式换热器制成的热水，水温的选择范围很大，若选择进水温度高温差大，那空调箱内的换热器面积就选择小一些。初投资可以减少，但对送风温度控制的精度就会相对差一些，空气的舒适度也不如低水温的好。
2．蒸汽：用蒸汽直接作为热源，舒适度较差，管理也比较麻烦，控制温湿度的精度也较差，但它的最大优点就是初投资较省。
一般用蒸汽作为热源，在输送过程中一般采用蒸汽压力比较高。高压输送蒸汽成本低，沿程阻力所占降压比例很小，到达使用点时，根据加热器的承压要求，就近进行减压处理，然后再给加热器使用，凝结水经过疏水器进入凝结水回收管送回锅炉房。凝结水排放要经过排污降温池处理后再排入下水管。
3．电加热：作为加热源它控制灵活、方便、精度高，节省初投资。但是，电加热的效率太低，运行费用会很高，且电是高品位能源，用电加热不符合能量梯级利用的原则。因电加热的能效比最大是1，而热泵机组的能效比可达到3以上。所以从节能的角度上认为电加热作为主热源是不允许的。在洁净空调系统中用电加热作为温湿的微调还是有必要的。
